imkanlar
26
Eki 2020
Lisansüstü TÜSEB Projesi Bursiyer İlanı

Proje Duyurusu:
Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB)
 projesinde çalışacak bursiyerler ve gönüllüler aranmaktadır. Projede çalışacak öğrenciler klinik biyoinformatik ve yeni nesil DNA dizileme teknolojileri  konusunda  derinlemesine bilgi edinecek ve bu alandaki yeni projelerde rol alabileceklerdir. Buna ek olarak öğrenciler algoritmaların entegrasyonunu, parallelliştirilmesini, makine öğrenmesi ile optimizasyonunu içeren büyük ölçekli bir programlama projesinin parçası olacaklardır. Seçilen iki bursiyer  (2 çalışmayan yüksek lisans veya doktora öğrencisi) en kısa zamanda başlayıp 2 seneye kadar aylık brüt 3000 tl ücret alacaktır.  Biyoinformatik, veri bilimi, makine öğrenmesi, moleküler biyoloji veya onkoloji alanında tecrübe tercih sebebi olacaktır. 

İlgilenen öğrenciler Dr. Öğr. Üyesi Mehmet Baysan (baysanm@itu.edu.tr) ile iletişime geçebilirler. 


Proje Konusu:
Her yıl dünyada yaklaşık 18 milyon kişi kansere yakalanmakta ve yaklaşık 10 milyon kişi kansere bağlı sebeplerle hayatını kaybetmektedir. Tümör dokusunda var olan genetik değişimlerin tespiti, kanser oluşumunun anlaşılması ve etkili tedaviler geliştirilmesi adına kritik bir adımdır. Yeni Nesil Dizileme (YND) teknolojileri herhangi bir dokuya ait yüksek çözünürlüklü gen haritalarının  elde edilebilmesine imkan tanımaktadır.  Cihazlardan çıkan verinin büyük miktarlarda ve kompleks olmasından (gigabyte, terabyte seviyesinde) dolayı bu veriler ancak bilgisayar gücünü kullanan kompleks algoritmalar ile işlenebilmektedir. Veri analizi ile ilgili zorluklar doktorların/biyologların kanser hastalığının taramasından, tanısına ve tedavisine kadar birçok alanda fayda sağlayabileceği yeni nesil dizileme cihazlarını kullanmak konusunda çekingen davranmalarına sebep olmakta ve bu cihazların efektif bir şekilde kullanılamaması ile sonuçlanmaktadır. Bu problemi çözmek için hem biyolog/doktorlar hem de biyoinformatik uzmanları tarafından rahatça kullanılabilecek bir analiz sisteminin geliştirlmesi planlanmaktadır. Bu sistem yeni nesil dizileme cihazından çıkan veriyi girdi olarak alacak, incelenen örnekteki DNA değişimlerini tespit edecek, bilimsel literatürü ve TCGA gibi açık veri tabanlarını kullanarak bu değişimlerle ile ilgili hastalıklar ve tedavi seçenekleri ile ilgili bulgulardan oluşturulacak raporu hastaya özel ilaç tavsiyeleri de içerecek şekilde detaylı bir çıktı olarak verecektir. Ek olarak sistem, açık kaynak kodlu olarak ve her aşamada birden fazla algoritma seçeneği vererek teknik seviyesi yüksek kullanıcılara optimizasyon imkanı sunacaktır. Genetik veriler insan doğası ile direkt ilişkili olduğu için stratejik verilerdir. Geliştirilecek sistem dizileme analizlerinin yurt içinde yüksek kaliteli ve güvenli bir şekilde yapılmasını temin edecektir.